La première attestation toponymique pour Cize est datée de l'année 1184 et se lit dans cette phrase latine Ecclesia de Syliniaco cum capella Sancte Marie Desien, lis. de Sicia. Deux formes toponymiques anciennes concernant Cize, toponyme arpetan resté à l'identique en français, nous dévoilent aussi un Sici en 1350 et un Sisi en 1365 ; nous les retrouvons dans le pouillé de Lyon. Les archives de la Côte d'Or nous offrent un autre Size en 1563 qui sera confirmé en 1670 avec un très actuel Cize confirmé lors de la visite pastorale de 1654-1655 avec un Size.
L'explication voyant ce toponyme issu du latin scindō = déchirer, fendre semble plaisante mais les rives de l'Ain, en cette partie de son cours, sont souvent escarpées et coupent les reliefs. Néanmoins, ce lieu, voyant cluse voisine d'un méandre très caractéristique, est suffisamment spécifique pour pouvoir accepter cette explication.
