Guern, en breton Gwern, provient du radical Gwern - que l'on retrouve toujours en Gallois sous la forme Gwernin signifiant aulnes ; sans doute, à l'époque où ce toponyme s'est fixé, une zone marécageuse où poussaient des aulnes en quantité remarquable et significative. La commune de Guer, aussi en Morbihan, trouve une étymologie identique à son toponyme.
Gwern - Guern se retrouve attesté en l'an 1125 sous la forme Guern, puis en l'an 1315 sous la forme Guaier.