C'est en 1330 que ce toponyme est attesté de manière fiable et nous le retrouvons sous la forme Milisac ; il reste très stable au cours des siècles exception d'un Milizai en 1630. Le réel toponyme - en breton, est Milizag, francisé en Milizac.
Alors que Ernest Nègre voit ce nom de lieu dériver d’un anthroponyme gaulois, Melisos, attesté sur quelques tēgŭlæ, d'autres font provenir ce toponyme du latin Militiacum liant ce lieu à une garnison romaine y tenant garnison.