Le toponyme de l'Île de Sein ne dérive pas de la forme bretonne Enez Sun. La forme française semble provenir du celtique continental - dit gaulois - et dérive de Sen - vieux, ancien que l'on retrouvera en breton contemporain sous la forme Hen - ancien, vieux. Le toponyme breton Sun - Enez Sun, Île de Sein - est la forme contractée de Sizun dont l'étymologie est incertaine. Il est proposé le sens de crête, espace rocheux découpé ; ce qui semblerait être confirmé par la rudesse du paysage de l'île de Sein et, avec un toponyme proche, celui de Sizun en Monts d'Arrée.