Guiscriff, en breton Gwiscri, est attesté en 1099 sous la forme Guiscri, Plebs et nous indique donc l'existence en ces lieux d'une paroisse primitive. On retrouve Guiscrist en 1292 dans le cartulaire de l'Abbaye de Saint-Croix en Quimperlé et Guisguri en 1508.
Guiscriff est un toponyme laissant beaucoup de questions en suspens. Certains toponymistes ont pensé y voir un dérivé des Gwit- comme pour Gwitalmeze - Ploudalmézeau mais le S pose problème comme l'a si bien souligné J. Loth. Pierre Hollocou, après avoir étudié toutes les pistes possibles, invite à réfléchir sur la forme Guasguri et les toponymes en Gua-.
Le sens de ce toponyme reste encore mystérieux et la question ouverte.