Chanoz-Châtenay est un toponyme attesté en l'an 1670 sous la forme Chanoz-Chasteney. Nous retrouverons ce toponyme en 1790 sous la forme Chanoz-Châtenay dans les dénombrements des terres de Bourgogne ; ce toponyme devenant Channes en 1792. C'est en 1847, attesté par la station postale qu'il reprend sa forme actuelle.
Chanoz-Châtenay est né de la fusion de la paroisse et du fief de Châtenay.
Si Châtenay ne pose aucune difficulté de compréhension, faire dériver Chanoz semble lié au chêne, quercus en latin, et châno en arpétan. Il est possible de remonter ce toponyme en passant par Chanos-Curson qui nous laisse découvrir les formes anciennes canoscus, cannoschus, chanoscus datés des X° et XI° siècle.