Arnayon, en provençal Arnavoun, est attesté avec certitude sous sa forme latine en l'an 1127 avec un Ecclesia Beatœ de Arnayone dans le cartulaire de l'Abbaye de Saint Ruf. Cette même abbaye nous laiise lire un Ecclesia Arnayonis en l'an 1190 qui deviendra Arnaïon dans le rôle des décimes en l'an 1580.
Certaines interprétations capillotractées font dériver ce toponyme d'un radical belge arn- en citant Ducange mais cela reste incroyable.
Arnayon est aussi l'hydronyme du torrent présent sur la commune. Le radical -Arn- ou -Ar- se retrouve dans multiples hydronymes comme l'Arnette, le Tarn, l'Orne, l'Arnave et multiples hydronymes liés à cette racine ; cela nous permettra quelques rapprochements avec le toponyme Arnayon. Ce radical, d'origine pré-latine et pré-celtique reste abscons.
