C'est un poste-frontière fondé 1889 et nommé Novomariinsk en l'honneur de l'impératrice Maria Féodorovna - 1847-1928, épouse d'Alexandre III°, qui sera origine et naissance de la ville.
L'ancienne appellation faisant trop Ancien Régime, 1923 verra le nom changé pour notre Anadyr ; Anadyrsky pour le raïon et déclinaison oblige. En tchouktche méridionale et non littoral, la ville est appelée Кагыргын - Kagyrgyn ; en tchouktche septentrional, ils l'appellent Въэӈын - Vaëyn signifiant col, embouchure resserrée. L'agglomération, devenue ville en 1965, porte le nom de la rivière Anadyr et est située à son embouchure.
L'hydronyme Anadyr peut être rapproché de celui utilisé par les Yukaghirs au XVII° : ils appelaient ce fleuve Onadyr mais furent chassés par leurs rivaux yakoutes et autres. Il est intéressant de noter que les Tchouktches appellent Йъаайваам - Yaayvaam – rivière aux mouettes la partie inférieur de l'Anadyr ; peut-être en raison de chasses ou collectes fiables.
