Houat, en breton An Enez Houad est attestée en 1454 dans des documents relatant la canonisation de Saint Vincent Ferrier. Le nom de l'île se retrouve aussi dans certains documents du XII° siècle selon Ofis ar Brezhoneg.
Au cours des siècles, nous retrouvons l'île citée sous les graphies Hoat en 1453, Hoüath en 1636 ou Houac en 1763.
Tout comme Hœdic, l'étymologie de ce toponyme reste mystérieuse et de nombreuses hypothèses sont envisagées dont, les plus sérieuses, une origine pré-celtique ; hypothèse assez largement partagée.