Bouéni, idem en shimahorais, dérive du swahili Bwe-ni - lieu pierreux.
Une légende voudrait faire dériver ce toponyme de troupes sakalaves dirigées par un certain Diva Mamé, chef et venant de Katola, village de la région de Bouény, Madagascar. La troupe débarqua dans la baie mahoraise vers 1505 et donna nom à ce lieu en mémoire de sa terre d'origine.
Plusieurs éléments font réfuter cette hypothèse.
Un manuscrit du Cadi Omar, source de la légende, parle d'un débarquement portugais à Grande Comore vers 1505 ; ce débarquement provoquant exode vers Mayotte qui se retrouve concomitante avec une forte migration sakalave venant de Boëny, Madagascar, et commandée par ce Diva Mamé.
Plusieurs éléménts obligent à réfuter cette explication:
⤇ Aucun document portugais de cette époque ne parlant de bombardements ou tentatives d'établissements sur Grande Comore, un exode serait donc surprenant et aurait plutôt migré vers Anjouan ou Mohéli.
⤇ La troupe de Diva Mamé serait venue de Katola, toponyme inexistant dans le Boëni ; mais notons la ressemblance avec Kartala, volcan de Grande Comore.
⤇ La troupe de Diva Mamé est est qualifiée et formée de sakalaves, or cette appellation n'apparaît qu'au début du XVIII° siècle avec l'expansion sakalava...
