Bendéjun, en occitan Bendejun, est attesté en 1030 dans un chartier de Saint-Pons où Pons, évêque de Nice donne l'église de Bendéjun et ses subsides au monastère de Saint-Pons. Bendéjun y est signalé par la présence d'une villa appelée Bec de June.
Il semblerait que ce toponyme soit d'origine celte et dériverait de Beg Dunum ou Ben Dunum qui signifierait Fort de la pointe ou fort situé sur une pointe, promontoire. Il dériverait alors de Beg ou Penn, pointe, cap, promontoire rocheux et Dun - fort, oppidium. Le mot Beg est toujours utilisé en breton vannetais pour désigner une pointe rocheuse et Penn désignant un cap, ou promontoire rocheux.
