Bellignat, idem en Arpitan, se retrouve attesté en 1299 sous la forme latine Billignacus ; forme sous laquelle nous le retrouvons aussi en 1369.
D'origine gallo-romain, ce toponyme dérive de l'anthroponyme latin Bilinius; le suffixe -ac signalant la propriété ; donc un Bilinius, certainement propriétaire du domaine gallo-romain originel, aurait laissé son existence à la postérité via ce toponyme.