Aiguilles, Aiguilhas en occitan, est signalé dès 1371 sous le nom de Aiguilli. Certains voudraient voir ce toponyme dériver d'Aiguilhas du latin Accuculas - Aiguille.
D'autres pensent que le nom de la commune dérive de Ad Guil - Près du Guil. Nous penchons plutôt pour l'hypothèse Aiga Guil - eau du Guil - au sens cours d'eau qui, au cours des ans s'est simplifié en cet Aiguilles, Aiguilhas. En effet, le torrent du Guil coule tout près et confirme bien plus cette hypothèse qu'un Aiguilles dérivant d'une aiguille montagneuse, d'ailleurs fort nombreuses dans la région.