Agnielles-en-Bochaine se retrouve cité en 1155 dans les archives du Monastère de Durbon avec un Agnelles puis, en 1161, sous la forme Agnella. Ultérieurement, nous retrouvons des Anella en 1233, 1276 et 1359 avec un toponyme particulièreement stable.
Ce toponyme rappellerait l'existence de pâturages voyant beaux troupeaux de moutons, ou une estive utilisée lorsque les brebis mettaient bas.