La ville étant fondée en 1666, nous n'avons formes toponymiques antérieures pour Oulan-Oudé, en bouriate Улаан-Үдэ et russe Улан-Үдэ.
En 1666, simple abri cosaque d'hiver et destiné à collecter le yasak, le lieu est connu sous le toponyme Oudinskoïe et verra construction de la forteresse en 1689, forteresse de Verkhneoudinsk qui donnera son nom à la ville commerçante en 1735. Le 27 juillet 1934, le Comité exécutif central panrusse adopta une résolution visant à renommer Verkhneudinsk en Oulan-Oudé - Krasnaya Ouda - Улан-Үдэ.
Ce toponyme dérive du bouriate Улаaн = rouge et du mot évenk Үдэ = Oudé = courant calme et tranquille, hydronyme de l'affluent du Sélenge.
