Placé sous la protection de Saint Malo, Saint-Malo-de-Beignon était le lieu de résidence d'été des évêques de Saint-Malo et dépendait de cet évêché jusqu'à la révolution.
Beignon reste de sens obscur ; ce toponyme pourrait dériver de Bennius - anthroponyme celte - ou de Pign, décrivant une hauteur ou une source. Beignon pourrait être rapproché de Bignan.