La commune de Saint-Malo-de-Beignon, en breton Sant-Maloù-Benion est attesté en 1062 dans le cartulaire de Redon sous la forme Sanctus-Masloo de Bidainono et est signalé la présence d'une église. Ce toponyme se retrouve en 1409 sous la forme latine Sanctus-Maclovius de Bedano.
Placé sous la protection de Saint Malo, Saint-Malo-de-Beignon était le lieu de résidence d'été des évêques de Saint-Malo et dépendait de cet évêché jusqu'à la révolution.
Beignon reste de sens obscur ; ce toponyme pourrait dériver de Bennius - anthroponyme celte - ou de Pign, décrivant une hauteur ou une source. Beignon pourrait être rapproché de Bignan.