Guer, en breton Gwern-Porc'hoet, provient du radical Gwern - que l'on retrouve toujours en Gallois sous la forme Gwernin signifiant aulnes. Sans doute, à l'époque où ce toponyme s'est fixé, une zone marécageuse où poussaient des aulnes en quantité remarquable. -Porc'hoet permet de différencier Guer de Gwern, autre commune du Morbihan.
Gwern-Porc'hoet - Guer est attesté, pour la première fois connue dans les écrits, en l'an 836 et nous le retrouvons sous la forme Wern qui se fixe dès 1122 sous sa forme actuelle.