Alleins se retrouve sur le Polyptyque de Wadalde, dans le Cartulaire de Saint-Victor au IX° siècle et y apparaît sous la forme Elenicis. Nous le retrouvons au X° siècle avec un Alenii castrum suivi d'un Alignum pour les années 1164, 1165, 1204, 1219 et toujours dans le Cartulaire de Saint-Victor.
Avec très peu de certitudes, il serait possible de rapprocher ce toponyme des Alains, cavaliers des steppes mais cela est très incertain. Ernest Nègre, célèbre toponymiste, rapprocherait ce mot du nom germanique Alinius ; cette hypothèse étant aussi peu fiable que l'autre...